Het NIPA is reeds in 1948 ontstaan vanuit de artsenorganisatie KNMG (Koninklijke Nederlandse Maatschappij ter Bevordering van de Geneeskunst).
Na invoering van de Wet Educatie en Beroepsonderwijs in 1996, was het NIPA de eerste niet bekostigde Doktersassistentenopleiding met een door de Minister van Onderwijs, Cultuur en Wetenschappen erkend diploma. Hoewel de opleiding in eerste instantie met name op de huisartspraktijk gericht was, is deze door de jaren heen uitgegroeid tot een opleiding die eveneens voorziet in de behoefte binnen poliklinieken, arbodiensten en sociale gezondheidsinstellingen.